内部优化对网站来说十指关重要的一个环节，一个好的网站不仅利于用户体验度，还利于搜索引擎的抓取。网站的结构一般分文物理结构和逻辑结构。
        物理结构：扁平式结构，即网页都放在根目录下，利于小型网站的优化，目录比较少容易管理。树形结构分很多层次的结构，有多和目录和频道通道，然后每个通道下面可以放置网页，就是说在根目录下形成很多个频道、目录，每个频道目录里都有属于这个频道的网页。适合大中型网站。
        逻辑结构：即链接结构，网页的内链结构。
        物理结构布置简单合理利于用户体验度，利于搜索引擎抓取，物理结构与逻辑结构相互配合起来。首页导航系统要能链接到所有频道；频道之间做到能够相互连接；频道页要能够链接到首页；频道首页要能够链接到本频道的内容页面，利于用户查找信息，利于站内优化；主页一般不链接到内容页，所有内容页要链接到网站主页；频道页不能链接到其他频道内容页面，这样就造成了交叉链接；所有内容页要链接想自己上级的频道首页，类似于面包屑导航；所有内容页都链接到网站的首页；同频道间的内容页可以相互链接，利于用户搜索和蜘蛛抓取；内容页出现相关性的关键词，可以用锚文本链接到其他频道内容页。
        网站的结构设置简单合理，即网站结构的深浅是否合理，一般结构较浅的网页容易被搜索引擎收录，因为对于搜索引擎而言，首页是否有链接能够直接到达内容页，是相当重要的。如果一个网页的深度有五层，通过点击五次才能看到内容，那么这个页面的等级就过于低不利于收录，如果同样的层次在首页链接能够直接到达，那么这个内容页面的等级就跟该内容频道业的等级一样属于二级页面，同样利于优化。